El nudo central de la historia se desata luego que un avión que transportaba cadáveres, cuya muerte parece haber sido tremenda y extraña, aterriza en un aeropuerto norteamericano. El FBI actúa de inmediato nombrando a la agente especial Oliva Dunham para que se ocupe de investigar el caso. A raíz de que el compañero de Olivia se ve afectado por el caso, la agente se ve obligada a acudir al cuestionado Doctor Walter Bishop, a pesar de su dudoso pasado, y de encontrarse internado por años en un centro psiquiátrico. Es justamente aquí cuando aparece Peter, hijo del doctor, encargado de convencer a su padre para que preste su ayuda. El equipo pronto descubrirán que el caso del avión no es tan solo un caso aislado sino que es el inicio que desencadenará un suceso muchísimo mayor.
